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我校联合国际肺癌研究联盟完成最大规模的肺癌基因-基因交互作用研究与跨种族验证

发布者:校网新闻发布发布时间:2022-06-01浏览次数:1868

肺癌是我国及全球恶性肿瘤的主要死因。除环境暴露(如吸烟)外,单核苷酸多态性(SNP)亦是公认的影响肺癌易感性的重要遗传因素之一。近20年来,尽管全基因组关联研究(GWAS)已经取得重要进展,但是所鉴定的SNP仍然对肺癌遗传度(heritability)的解释力有限。肺癌属于复杂疾病。复杂疾病的发生、发展受到复杂关联模式的驱动,如基因-环境、基因-基因交互作用等。从统计学上,AB两因素的交互作用表示两者间存在协同或拮抗作用,或表示A因素的效应随着B因素取值的变化而发生改变。交互作用是两种或多种因素之间的复杂关联模式在群体水平(population level)上所表现出的一种现象,为深入理解疾病发生、发展的机制提供了一种不同寻常的思维方式。然而,全基因组基因-基因交互作用研究涉及超过500亿次的检验。超级沉重的计算负担极大地限制了基因-基因交互作用研究的可行性,迫切需要合理、高效的交互作用降维分析策略与方法。


近日,乐鱼最新官网公共卫生学院陈峰教授、沈洪兵院士、美国哈佛大学公共卫生学院David C. Christiani教授三方课题组深度合作,联合国际肺癌研究联盟(ILCCO/TRICL),采用“信息熵初筛→对数线性模型检验→logistic回归模型确认”的三步降维分析策略,共同完成了全球最大规模(46.5万人)的肺癌基因-基因交互作用研究与跨种族人群验证,并构建了交互作用赋能的遗传评分(interaction empowered polygenetic risk score, iPRS)。与领域内著名的肺癌遗传评分(PRS-128)相比,iPRS显示出更出色的肺癌风险区分能力,能够进一步提升国际知名肺癌风险预测模型(LLPv3)的高危人群筛查能力。该成果以研究长文(Original Article)形式发表在

(素材来源/公共卫生学院)